При АА поражаются полипотентные стволовые кроветворные клетки, тогда как повреждение более зрелых клеток проявляется в виде моно- или бицитопении. Предполагается, что в таких случаях стволовые клетки интактны, а наблюдаемый клеточный дефицит обусловлен гипоплазией или нарушенным созреванием специфической клеточной линии («неэффективный» миелопоэз) или расходованием ( разрушением) клеток на периферии, равным по скорости их образованию.